[Excel-Link] のリンク領域設定画面で、保存 ボタンをクリックすると、保存が終了するまでに時間がかかる。

この現象は、条件付き書式を多用しているブックで、Excel 2010, 2013 以降を用いてリンク領域を設定している場合に発現します（Excel 2007 以前では起きません）。
対策としては、ブックを分割することも含め、ブック内（他シートを含む）での条件付き書式の使用を極小化することをご検討ください。