売上高比率を計算すると計算結果がマイナスになるのはなぜですか。

売上高は貸方項目なので相手方科目が借方項目の場合、比率はマイナス(借方としてみた場合)となります。
「セル値表示/編集ルール」の「符号表示タイプ」の設定により、適用される符号表示タイプが借方となっている場合、マイナスで表示されることになります。

対策として、売上高比率を計算する計算式にマイナスをつけて符号を逆転させて符号表示タイプを「勘定科目属性に従う」に設定する方法があります。

例： -[GENKA]/[SALES]

もし該当のセル(行や列でもよいですが)の勘定科目属性が借方項目に固定できる場合は、単純に「符号表示タイプ」を「貸方をプラスにする」とすることもできます。

詳細はユーザマニュアルの下記項目をご参照ください。