[Excel-Link] の機能を用いて注記項目の値を反映させることはできますか

可能です。[Excel-Link] の設定方法は数字の値反映と同じです。
また、注記項目の値が列挙値の場合は「列挙値・論理値の名称を表示」オプション設定によって、ラベルもしくは名称を入力して反映することになります。

詳細はオンラインマニュアルの下記ページをご参照ください。